Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου κατέθεσε στις 17/10/2013 ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας αίτηση για την ακύρωση του υπ’ αριθμ. 93/2013 Προεδρικού Διατάγματος (ΦΕΚ 131/5.6.2013) «Κατάργηση Τμήματος, ίδρυση ειδίκευσης, συγχώνευση Τμημάτων σε Σχολές και ανασυγκρότηση των Σχολών του Πανεπιστημίου Αιγαίου», στο οποίο προβλέπεται:
- Η συγχώνευση του Τμήματος Μαθηματικών με το Τμήμα Στατιστικής και Αναλογιστικών Χρηματοοικονομικών Μαθηματικών σε ενιαίο Τμήμα Μαθηματικών (άρθρο 1)
- Η κατάργηση του Τμήματος Οικονομικής και Διοίκησης Τουρισμού (άρθρο 2) –με κωδικό μηχανογραφικού υποψηφίων φοιτητών από το 2009- και η δημιουργία απλής κατεύθυνσης Οικονομικής και Διοίκησης Τουρισμού στο Τμήμα Διοίκησης Επιχειρήσεων (άρθρο 3), κατεύθυνση που ήδη προϋπήρχε μαζί με άλλες.
- Η τροποποίηση της υπάρχουσας Σχολής Θετικών Επιστημών, με ένταξη σε αυτή του Τμήματος Μηχανικών Σχεδίασης Προϊόντων και Συστημάτων (άρθρο 4) και έμμεσα η μη ίδρυση της Πολυτεχνικής Σχολής (εγκεκριμένη από το 2009 από όλα τα θεσμικά όργανα της πολιτείας), που θα επέτρεπε την ολοκλήρωση της ακαδημαϊκής λειτουργίας των τριών αυτόνομων Τμημάτων Μηχανικών που λειτουργούν πλήρως και επιτυχώς πάνω από μια δεκαετία.
Σύμφωνα με την Πρυτανική Αρχή του Πανεπιστημίου το νομοθέτημα είναι παράνομο για τους παρακάτω 3 λόγους:
- Στερείται της επιβαλλόμενης αιτιολογίας και δεν ανταποκρίνεται στους από τον νόμο 4009/2011 τεθέντες περιορισμούς/προϋποθέσεις.
- Αντιβαίνει στο άρθρο 16 του Συντάγματος, το οποίο κατοχυρώνει τη διοικητική αυτοτέλεια των ΑΕΙ, δεδομένου ότι οι ρυθμίσεις τού εν λόγω Προεδρικού Διατάγματος είναι ευθέως αντίθετες με τις ομόφωνες αποφάσεις όλων των οργάνων διοίκησης του Πανεπιστημίου Αιγαίου.
- Αντιβαίνει στο πνεύμα και στο γράμμα του νόμου, δεδομένου ότι η εν λόγω διοικητική πράξη επιφέρει αλλαγές που πλήττουν πολλαπλώς την αποστολή του Πανεπιστημίου Αιγαίου, ενώ δεν έχει ληφθεί υπόψη το περιεχόμενο της βάσει νόμου απαιτούμενης γνωμοδότησης της ΑΔΙΠ.