Την Πέμπτη 28 Αυγούστου 2014, πραγματοποιήθηκε στη Μυτιλήνη η τελετή παράδοσης της Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αιγαίου από την απερχόμενη Πρυτανική Αρχή και της ανάληψής της από τη νέα
Η προηγούμενη διοίκηση, ξεκίνησε το έργο της τον Σεπτέμβριο του 2010 υπό την πρυτανεία του καθηγητή Πάρι Τσάτρα, αποτελούμενη από τον Αναπληρωτή Καθηγητή, Νικόλαο Σουλακέλλη ως Αντιπρύτανη Ακαδημαϊκών Υποθέσεων & Φοιτητικής Μέριμνας, την Καθηγήτρια Αγγελική Δημητρακοπούλου, ως Αντιπρύτανι Έρευνας & Στρατηγικού Σχεδιασμού και τον Αναπληρωτή Καθηγητή, Ιωάννη Κάλλα ως Αντιπρύτανη Οικονομικού Προγραμματισμού & Ανάπτυξης, παρέδωσε τη διοίκηση στη νέα Πρυτανική Αρχή.
Η νέα διοίκηση του Πανεπιστημίου αποτελείται από τον Πρύτανη, Καθηγητή του Τμήματος Μηχανικών Πληροφοριακών και Επικοινωνιακών Συστημάτων κ. Στέφανο Γκρίτζαλη, με Aναπληρωτές Πρυτάνεις την Kαθηγήτρια του Τμήματος Ναυτιλίας και Επιχειρηματικών Υπηρεσιών κα Αμαλία Πολυδωροπούλου, την Aναπληρώτρια Kαθηγήτρια του Τμήματος Πολιτισμικής Τεχνολογίας και Επικοινωνίας κα Αλεξάνδρα Μπούνια και τον Aναπληρωτή Kαθηγητή του Τμήματος Μεσογειακών Σπουδών κ. Σπύρο Συρόπουλο.